Kissinger đã trải qua khóa đào tạo cơ bản tại Doanh trại Croft ở Spartanburg, South Carolina. Vào ngày 19 tháng 6 năm 1943, khi đóng quân tại Nam Carolina, ở tuổi 20, ông trở thành công dân Hoa Kỳ. Ông được cử đi học ngành kỹ thuật tại trường Cao đẳng Lafayette, Pennsylvania, nhưng chương trình đã bị hủy bỏ và Kissinger được giao lại cho Sư đoàn bộ binh 84. Tại đây, ông làm quen với Fritz Kraemer, một người nhập cư Do Thái từ Đức, người đã chú ý đến sự thông thạo tiếng Đức và trí tuệ của ông, và ông được giao cho bộ phận tình báo quân sự của sư đoàn. Kissinger tham gia chiến đấu và tình nguyện làm nhiệm vụ tình báo trong trận Bulge.[14]

Trong thời gian Mỹ tiến vào Đức, Kissinger lúc đó chỉ là một binh nhì, được giao phụ trách chính quyền thành phố Krefeld, do thiếu người nói tiếng Đức trong đội ngũ tình báo của sư đoàn. Trong vòng tám ngày, ông đã thành lập một chính quyền dân sự.[15] Kissinger sau đó được giao lại cho Quân đoàn tình báo (CIC), nơi ông trở thành một đặc vụ CIC giữ cấp bậc trung sĩ. Ông cùng một đội ở Hannover được giao nhiệm vụ truy tìm các sĩ quan Gestapo và những sĩ quan Đức khác, ông đã được trao giải Sao Đồng.[16] Vào tháng 6 năm 1945, Kissinger trở thành chỉ huy của phân khu đô thị CIC Bensheim, Bergstrasse của Hessen, chịu trách nhiệm giải trừ sĩ quan Quốc xã của quận. Mặc dù ông sở hữu quyền lực tuyệt đối và có quyền bắt giữ, Kissinger đã cẩn thận để tránh lạm dụng đối với người dân địa phương bằng mệnh lệnh của mình.[17]

Năm 1946, Kissinger được chỉ định giảng dạy tại Trường Tình báo Chỉ huy Châu Âu tại Doanh trại King và với tư cách là một nhân viên dân sự sau khi tách khỏi quân đội, tiếp tục phục vụ trong vai trò này.[18][19]